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Int J Mol Sci | m6A甲基化修饰对糖尿病小鼠认知功能障碍的调控机制

发布时间:2024-08-02
N6-甲基腺苷(m6A)是真核生态学mRNA中最终要的转录后体现,在真核生态学的病症和生理性时中起着至关很重要的角色。糖尿病的风险感知心里障碍不是种不可逆反应的感觉神经末梢感觉神经设备退行性患病,现在壮大确确实实切新机制暂时无法已经指出,然而或缺很好的可以防止感染和医疗的方式。

2024年2月6日,北京大学医学部联合首都医科大学附属北京朝阳医院在International Journal of Molecular Sciences上发表题为“Altered N6-Methyladenosine modicification patterns and transcript profiles contributes to cognitive dysfunction in high-fat induced diabetic mice”的研究文章。研究人员探讨了高脂肪饮食对葡萄糖代谢的干扰会导致与m6A修饰相关的酶的表达发生变化的相关机制。该成果中拜谱生物制品为其提供m6A甲基化探讨技巧服务保障,为糖尿病小鼠高脂肪饮食诱导的认知功能障碍机制提供了新的线索。

的文章英文名称:Altered N6-Methyladenosine modicification patterns and transcript profiles contributes to cognitive dysfunction in high-fat induced diabetic mice(Int J Mol Sci.,IF=6.2,2024.2)

朋友厂家:北京大学医学部、首都医科大学附属北京朝阳医院

深入分析用料:小鼠脑组织

拜谱能提供技术工艺:m6A甲基化(MeRIP-seq)

引言图:

图1| 论文摘要图(图源:Zhaoming Cao, et al., Int J Mol Sci., 2024)

理论研究报告

1.DCI小鼠海马中m6A遗传基因掩盖的转换

实验师首选制定了高脂饮食搭配和判断能力问题(DCI)的小鼠绘图。为比差表组(n = 3)和DCI组(n = 3)直接的m6Adna绘制,实验师用MeRIP-seq实现了转录组的范围内的m6A-seq阐述。在DCI组的10664个简码dna转录物(mRNAs)党中央发觉差表组的23712个不重重重重叠叠叠叠的m6A峰。比起来的情况下,DCI组现象出23,752个非重重重重叠叠叠叠m6A峰。这其中,9349个甲基化dna在差表组和DCI组直接重重重重叠叠叠叠(图2)。

图2| 照表组和DCl组m6a装饰表观遗传的维恩图

共鉴定会出1279个地域差异甲基化的m6A位点(DMMSs),里面60.88%(778/1278)和39.12%(500/1278)的甲基化水平方向对应相关性大于比组。理论研究其生长条件察觉到m6A峰生长在某个RNA中(图3A),并只能根据其生长的转录区城内环境为下五组:5'UTR、3'UTR、转录启始位点区城内环境场面、停止秘码子场面、启始秘码子场面和编码查询字段(CDS)。m6A峰的在3'UTR、CDS和停止秘码子附进相关性含有(图3B)。关键在于评诂这基因组遗传上m6A表达的区城内环境,理论研究成员挑选了有峰注解的区城内环境,并检测了这基因组遗传上reads的扩大率。在DCI组中,m6A表达区偏往于3'UTR区(图3C)。所有的mRNA内的DMMS都被位置到复染法体提升评诂其生长简况。多种小鼠复染法体的m6A表达谱多种。

图3| 小鼠海马中m6A甲基化图谱的改善

为了能检验检测m6A突显在DCI小鼠中的生态学学模块,研究分享人群从两个选出择富含DMMS的血清质商品编码表观遗传遗传对其进行GO和KEGG分享(图4A)。在GO分享中,高甲基化表观遗传遗传在体神经肿瘤细胞膜全的流程 、生态学全的流程 调整、离子液体可溶性酶类和杂环单质搭配中正相应的丰度。KEGG数据信息手机数字信号通道分享呈现,高甲基化表观遗传遗传与T体神经肿瘤细胞膜多巴胺感觉数据信息数据信息手机数字信号通道、小体神经肿瘤细胞膜肝癌和RIG-I样多巴胺感觉数据信息数据信息手机数字信号通道相应的(图4B)。相对低甲基化表观遗传遗传,GO分享呈现在体神经肿瘤细胞膜全的流程 、基础代谢全的流程 和搭配全的流程 中正相应的丰度有机酸环单质、搭配杂环单质和离子液体可溶性酶类(图4C)。KEGG数据信息手机数字信号通道分享论述了低甲基化表观遗传遗传与肥厚性心肌病和Hippo数据信息数据信息手机数字信号通道的关联关系(图4D)。

图4| 差距甲基化m6A位点的通道生物富集

2.m6A MeRIP-Seq和RNA-Seq数据了解的结合了解

后面设计人群将m6A MeRIP-Seq的数据信息统计和前者RNA-Seq的数据信息统计进行联办深入分析,提示163个mRNA,m6A峰和mRNA水准为显著转换。41种mRNA的m6A和mRNA水准调整,14种mRNA水准下降。再者,30个DNAmRNA表现调整,m6A水准下降,7七个DNAmRNA表现下降,m6A水准调整(图5A)。后面,构造 了了个PPI网格来提示163个DNA编号的血清中的接连(图5B)。

下图6图示,GO和KEGG进行分折为四组:(1) m6A上涨,mRNA再降;(2) m6A上涨,mRNA上涨;(3) m6A再降,mRNA再降;(4) 染色体组m6A再降和mRNA上涨。在GO进行分折中,m6A上涨和mRNA再降的染色体组在神经系统元分解分泌进程、香熏族非金属空气氧化物物微生物人工进程和RNA分解分泌进程的政策自我调节中相关性聚集。KEGG进行分折体现 ,这个染色体组在肌肉酸分解分泌、小神经系统元肝癌、丙酸分解分泌和甲苯酸分解分泌中聚集。这对于m6A上涨和mRNA上涨的染色体组,GO进行分折体现 在亚铁根据、亚胺丙氨酸脱羧酶可溶性、天冬氨酸1-脱羧酶可溶性和神经系统元连入装设负政策自我调节中聚集;KEGG进行分折体现 在2型尿毒症、肌肉神经系统元要素表现径路和胰岛素表现径路中聚集。在GO进行分折中,m6A再降和mRNA再降的染色体组在寡肽根据、谷胱甘肽根据和二硫非金属空气氧化物物非金属空气氧化物备份酶可溶性中聚集,而在KEGG进行分折中,这句话在柠檬汁酸嵌套反复(TCA嵌套反复)、丙酸分解分泌和多种类凋亡中聚集。在GO进行分折中,m6A再降和mRNA上涨的染色体组在胚胎骨膝盖骨基本特征突发、血清激酶可溶性更改密码和NADP分解分泌进程中聚集,在KEGG进行分折中,m6A再降和mRNA上涨染色体组在新霉素、卡那霉素和神经系统营养素要素表现径路中聚集。

图5| m6A甲基化与mRNA表达出的联动讲解

图6| 163个DEGs和DMMS的GO和KEGG具体分析

拜谱生物学总结ppt

本研究表明高脂饮食对葡萄糖代谢的干扰会导致与m6A修饰相关的酶的表达发生变化。这些改变导致与神经退行性疾病相关的基因甲基化模式的改变,特别是在小鼠的海马区。这些发现为高脂肪饮食诱导糖尿病小鼠认知功能障碍的机制提供了新的见解,可能为糖尿病诱导的海马病变提供新的治疗策略。这一过程中拜谱生物制品提供了m6A甲基化科技售后服务,拜谱怪物可提供完善成熟的淀粉酶组学、代谢转化组学、转录组学、多个学整合的产品技木服务保障,欢迎致电咨询!

考虑论文资料:Cao Z, An Y, Lu Y. Altered N6-Methyladenosine Modification Patterns and Transcript Profiles Contributes to Cognitive Dysfunction in High-Fat Induced Diabetic Mice. Int J Mol Sci. 2024. doi: 10.3390/ijms25041990.

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