上海拜谱生物科技有限公司-蛋白质组学-代谢组学-单细胞测序-重组蛋白一站式提供多组学联合分析平台

拜谱生物

Microb Cell Fact | 遵义医科大学冯昆团队揭示无柄灵芝培养物产生灵芝酸的机制

发布时间：2024-07-25

三萜类化合物已信息显示出大范围的动物可溶性，涉及到抗恶性肿瘤和抗病力毒目的。一般性，三萜是实现甲羟戊酸行业分解的，并从大自然植被和真菌孢子中拆分。遵义医科大学冯昆团队在Microb Cell Fact（IF=6.4）上投稿了题写“Biotransformation of triterpenoid ganoderic acids from exogenous diterpene dihydrotanshinone I in the cultures of Ganoderma sessile”的探析整形论文。该探析表明三萜类无机化合物野生灵芝粉酸（GA）是依据流体培训的无柄野生灵芝粉菌丝体中二萜15,16-二氢丹参酮I（DHT）的海洋生物学转化率生产的。利用转录组和淀粉酶酶质组学方法进1步探险无柄野生野生灵芝菌丝体中DHT生产两个野生野生灵芝酸（GA）的长效机制，并利用几组学方法测量到的差别的人类基因和差别的淀粉酶酶，得出DHT 海洋生物学组成 GA 的经过。拜谱生物提供了转录组测序和TMT定量蛋白质组学技术，为研究二萜生物转化为三萜提供了丰富的组学信息和候选基因。

文章名称：Biotransformation of triterpenoid ganoderic acids from exogenous diterpene dihydrotanshinone I in the cultures of Ganoderma sessile（Microb Cell Fact，IF=6.4，2023.7）

客户单位：遵义医科大学

研究材料：无柄灵芝真菌菌丝体

拜谱提供技术：转录组测序、TMT定量蛋白质组学

研究结果

1.转录混合物析和功能性区分

实现对无柄野生灵芝白色念珠菌菌丝体进行转录组测序共赢得67230个转录本和14294个单表观遗传组。在这么多单表观遗传组中，49两个被认定为区别表述表观遗传组（DEGs），之中的213个表述调整，279个表述再降（图1A）。GO含有分折后，DEGs可分为海洋生物具体步骤（BP）、组织化学成分（CC）和碳原子功用（MF）3类。在BP分类中，出显了前五个子分类：抗生素类进行分解排泄具体步骤，乙酸盐排泄具体步骤和甲酸盐排泄具体步骤;而在CC分类中，组织外区、突触pp体、突触组成是前五个亚类。而对于MF分类，甲酸脱氢酶（NAD）亲水性、阳极氧化抹除酶亲水性和酸氨（或酰胺）联系酶亲水性是前五个亚分类（图1B）。在DEGs的KEGG信息信息信号通路分折中，前30条含有度最多的信息信息信号通路含有27条应归排泄，之中的甲烷气体排泄、乙醛酸盐和二羧酸盐排泄、丙酸盐排泄信息信息信息信号通路更为明显含有（图1D）。

图1|转录多组分析和功效细分

(图源：Wang X., et al., Microb Cell Fact., 2023)

2. 蛋白质组定量分析和功能分类

顺利完成对无柄灵芝粉细菌菌丝体使用膳食纤维酶质组学讲解，共分判定了16,457种现代感肽、2606种膳食纤维酶质和2588种酶联免疫法膳食纤维酶质。在域值|FC|>1.2和p<0.05的淘汰状况下，来到2606种膳食纤维酶质中，94种被鉴定结论为一定的相互影响呈现膳食纤维酶（DEPs），中间52种调涨，42种调整（图2A），图2C展示了一定的相互影响呈现膳食纤维酶的聚类研究深入深入探讨讲解热图。从GO讲解一起来看，BP行业类型展示，绝大部分数DEPs加入醋酸钠盐产生操作工作、四环素化解产生操作工作和药物剂量化解产生操作工作。CC类DEPs在血細胞外区、过腐蚀的物酶体和微体中的分配比例为上限，腐蚀的抹除酶特异性和甲酸脱氢酶（NAD）特异性在MF类中DEPs的分配比例上限（图2B）。与转录组结果表示似的，KEGG通道讲解展示，大部分DEPs在产生中含有，中间3条最含有的路线是光合怪物工程中的碳比较固定、碳产生和MAPK信息通道（图2D）。不但，顺利完成讲解GO信息库的CC对DEPs使用亚血細胞产品定位讲解和标注（图2E），DEPs最重点的布局在血細胞质（40.66%）、血細胞膜（17.58%）、线粒体（12.09%）和内质网（8.79%），原理上是GAs怪物工程获得的最重点的区域。

图2|核营养物质组的酶联免疫法定量分析和的功能核实

(图源：Wang X., et al., Microb Cell Fact., 2023)

3.转录组和蛋白质组数据相关性分析，RT-qPCR验证

为业物和转化了和比对组得票数DEGs和DEPs加工了维恩图，有20个一定的差异体现方法染色体（图3A）。对转录组和血清酶酶质组中E组和C组总共的DEGs/DEPs通过聚类研究研究，会发现mRNA和血清酶酶质两者左右有16个调整染色体和6个再降染色体，DEGs和反译的DEPs体现方法水平面呈正涉及，系统设计Pearson的涉及常数研究，在转录组和血清酶酶质组两者左右探测到对于较高的涉及性（R = 0.87）（图3C）。实时荧光定量PCR（RT-qPCR）在线检测成果表现，E组和C组15个DEGs的展示的水平不同之处差异性，各举9个为调涨DEGs，二个为上涨DEGs（图3D）。DEGs在RT-qPCR中的展示动向与转录类物质析成果共同。

图3|蛋清质组的酶联免疫法数据分析和工作手机验证

(图源：Wang X., et al., Microb Cell Fact., 2023)

拜谱小结

综上所述，该研究结果为真菌对天然产物的生物转化提供了新的见解，这将有助于开发更有效、更经济的方法，以方便的方式获得稀有的三萜。拜谱生物提供了转录组测序、TMT定量蛋白质组学转录组学技术，拜谱生物可提供完善成熟的转录组学、蛋白组学、代谢组学以及多组学联合产品技术服务体系。此外，拜谱生物推出的中药代谢组整体解决方案，基于更丰富、更专业的中药数据库，更高的数据质量、更优质的服务，可进行中药成分分析、中药入血/组织分析、网络药理学等分析，助力客户探索中药前言研究，欢迎致电咨询！

参考文献：Wang X, Wu H, Wong KH, Wang Y, Chen B, Feng K. Biotransformation of triterpenoid ganoderic acids from exogenous diterpene dihydrotanshinone I in the cultures of Ganoderma sessile. Microb Cell Fact. 2023 Jul 28;22(1):139. doi: 10.1186/s12934-023-02156-5.

返回列表

「上一篇」Mol Cell（IF=16.6）| 保持年轻的秘密？LiP-MS检测揭示细胞衰老相关机制

「下一篇」Nat Metab（IF 20.8）｜代谢组学流行病学为疾病提供病因见解(上）